发包人为查明工程争议先支付了鉴定费，结算时便从承包人工程款中全额扣除。这样处理是否成立，取决于费用性质、最终承担依据及抵扣条件。先预交鉴定费用，并不当然证明另一方已欠付同样金额，也不意味着预交方最终一定自行承担。
先分司法鉴定与单方自行检测
法院委托鉴定、双方共同约定检测，以及一方自行找机构出具报告，依据和程序不同。核实谁提出、鉴定事项、委托程序、机构和收费、双方是否同意，不能把任意内部咨询费都放进法院诉讼费用项目。
用于发现施工问题的单方检测是否必要、意见能否证明所主张事实、费用是否合理，需要具体审。即使报告结论部分有利，也不代表对方应接受全部检测范围和任何报价；对方也不能只因不是自己委托就拒绝所有依法证明的必要费用。
预交与最终负担分别有规则
诉讼费用交纳办法第十二条对鉴定等费用的支付作规定，按照谁主张谁负担等规则，由当事人直接向相关机构支付。直接向机构支付，与法院收取的案件受理费等不能混为同一项目；也不能单凭预交事实判断本案最终责任和可要求另一方承担的范围。
第二十九条的诉讼费用负担规则，不能被直接当成所有向机构支付的鉴定费用都按败诉比例自动转付的依据。具体鉴定费应结合实际负担裁判、合法约定或者与该争议适配的责任依据，核查必要性、合理性及应由谁承担。存在多个鉴定事项和不同责任时，更不能把对方某一争点败诉扩大为所有费用必然全额转嫁。
工程款扣减须有可成立的债权和条件
合同明确合法约定某类费用由违约方承担，应核违约事实、因果和合理金额；法院已明确分担，也应按决定办理。仅持预交凭证，尚未确定对方负担，不能当然在工程结算中把金额当确定债务。
民法典第五百六十八条等对法定抵销有条件，对方到期债务、债务种类品质及不得抵销情形等需要对应，并依法通知。双方另行协商扣减的，应明确数额和范围，不把发包人单方对账表写了扣除就当承包人已经同意。
费用表应与争点和付款逐项对应
保留鉴定申请、委托、收费通知、付款、范围调整及法院最终决定。费用中包含质量、造价、工期等不同事项，可列出分别解决何种争点，避免一次报告使用多种名目重复索取。已由对方直接支付或已经返还的，不能再次从工程款扣除。
若对鉴定程序或费用负担决定有异议，应按相应法定程序和期限反映，不自行扣留无关资料或通过阻止工程使用施压。无争议的工程款和待定费用可以分列，不用一笔尚未厘清的鉴定支出拖延所有正常结算。
两江新区工程双方可先确认先付、最终分担和如何履行三件事。发包人有权依法主张真正应由承包人承担的合理费用，承包人也有权要求看清依据。避免把预交人、责任人和可抵扣余额混为一个结论，才能使鉴定帮助解决工程事实，而不是又生成一笔无法核对的欠款。