实际组织施工的一方借用建筑公司资质承接工程，工程款先进入公司账户，公司再按约定比例扣费后转付。发生结算争议时，公司能否继续收取这笔费用，不能只看双方曾经签字。对属于资质借用费、企业名义使用费的约定，现行建设工程司法解释已经明确规定法院不予支持；同时，真实工程支出与折价补偿款还需要分开核算。
先查明收取费用所对应的真实交易
2026年施行的建设工程司法解释（二）第三条规定，建筑施工企业出借资质，或者允许他人以本企业名义承揽工程，相应合同应被认定无效。认定时应结合谁联系项目、谁投入资金、谁组织施工、谁承担经营风险及公司实际参与情况，不能仅凭协议写着“内部承包”就认定属于正常企业内部经营。
费用名称同样不能替代事实。写作管理费、平台费或者服务费，却实际只对应借用资质和企业名义，应审查其真实内容；公司确实委派人员、采购材料的，也应核对具体行为及付款，而非直接据此确认全部比例收费有效。
单纯依照约定主张资质借用费，法院不予支持
第三条明确否定建筑公司请求支付约定的资质借用费、使用费。公司以工程款已经进入自己账户为由，按原约定比例扣留费用，实际施工一方可以针对扣款性质、依据和金额提出异议。双方曾按同一比例结过账，并不能当然使无效约定转为有效。
提出异议时应指出争议扣款对应哪一条约定、哪一期工程款及哪一次银行转付，避免只说公司“扣多了”。如果结算单将多项费用合并为一个总额，应要求拆分，明确其中多少是资质使用对价，多少被主张为已经发生的项目支出。
真实项目支出要凭具体依据，不能再套用收费比例
不支持资质借用费，不等于公司提出的每项付款事实都无需核查。公司主张已经代付材料款、工资或者其他项目费用的，应审查支付对象、款项用途、应由谁负担、是否确实支付，以及是否已经在工程价款中扣减。仅有公司自制汇总表，不能替代相应合同、结算凭证和银行流水。
实际支出能否向施工一方请求补偿，仍需有独立的事实和法律依据，并结合合同无效后的责任判断，不能先认定存在少量现场工作，再恢复整个资质费条款。施工一方也应逐项回应，避免把与资质使用费不同的已付款全部重复计入自己的应收款。
工程质量合格时，另行核算施工一方的折价补偿
第三条同时规定，工程质量合格，借用资质的单位或者个人参照其与建筑公司关于支付工程款项的约定，请求建筑公司支付折价补偿款的，法院依法予以支持。合同无效并不意味着已经完成的合格工程无需结算，但工程量、质量、价款约定和已付金额仍然需要证明。
对已经实际支付的争议资质费，应明确是否请求返还，以及与未付工程款是否存在重复。《民法典》第一百五十七条规定了无效行为的财产返还、折价补偿和过错损失处理规则，不能仅凭“不支持收费”一句话，就推定所有历史结算款均应全部返还。
把扣款争议拆成明细，并核对案件适用时间
建议按每期收付款整理证据：内部协议及补充约定、发包人付款记录、公司转付记录、扣款通知、项目支出凭证、质量验收资料及结算单。对每一项分别标注主张金额、对方依据、己方异议与已掌握的证据。结算沟通中未能达成一致的项目，应保留争议说明，避免将有异议总额签成无保留的最终确认。
本文引用的解释自2026年6月30日起施行，适用于施行后法院新受理的一审建设工程施工合同纠纷案件；此前已经受理或者作出生效裁判的案件，应另查时间适用问题。处理重点是费用真实性质、工程补偿和已付款之间的对应关系，不能仅因换了收费名称就得出不同结论。