赔偿已经付清，被害人后来表示撤回谅解，原协议、转账和收款确认仍应如实向办案机关提交。后来的态度变化不会自动抹去实际赔偿，但原来究竟是法定刑事和解，还是一般赔偿、单方谅解，会影响适用规则。不能把一张写有“谅解”的纸都称为刑事和解协议。
先确定原协议属于哪一种程序
刑事诉讼法规定的当事人和解公诉案件程序有法定案件范围，还要审查真诚悔罪、自愿和解等条件，并非所有犯罪、所有赔偿协议都能适用。办案机关依法审查并主持形成的和解，与双方自行出具收条、谅解书，应作区分。
刑诉法司法解释第五百九十三条规定，和解协议已经全部履行后反悔的，人民法院不予支持；有证据证明和解违反自愿、合法原则的除外。适用这一条，必须先说明原协议符合法定和解制度以及确实全部履行，不能仅凭标题或最后一张汇款单直接得出结论。
全部履行不只是核对赔款总额
对照协议逐项标记已经完成的义务。除款项外，如约定返还财物、承担已经明确的医疗支出、赔礼道歉等，应说明实际履行状况。付款人是家属时，要能看出代谁履行、对应哪个案件；款项付给亲属时，也要核实其有无受领权限，是否已被本人确认。
现金支付应有可靠的收款证明；银行转账不能仅保留金额截图，还应保存收款人、时间、备注与相关确认。分期款尚未付完，或者协议中存在尚未完成的重要义务，就不宜以“已履行完毕”的规则排除对方异议。先把欠缺履行补清与争议事项分开，避免用重复付款换取一份无法确定效力的新文件。
对反悔的原因分别回应
如果对方只是事后觉得赔少了，应提交原协商过程、协议内容、收款确认和全部履行的材料，说明其当时自愿形成的意思。若主张遭到胁迫、欺骗、冒名签署，处理重点转为原协议真实性、自愿性和合法性的审查，不能只用“签过字”反驳。
如果原来只是一般谅解书，不应机械套用法定和解全部履行后的规则。可以向办案机关说明赔偿已经发生、对方曾作何表示以及态度变化的原因，由其结合案件性质和全部量刑事实评价。不得删改新的异议，也不能将旧谅解书包装成对方目前仍然同意的最新意见。
提交一份能够核实的情况说明
说明中按时间列出协商、签署、每次履行和收到反悔意见的经过，分别附上协议原件线索、付款凭证、收款确认及沟通记录；把请求写为审查原和解及实际履行情况，而不是请求保证撤案或缓刑。
对于侦查、审查起诉期间已经达成并全部履行的法定和解，司法解释第五百九十四条还对后来提起附带民事诉讼作了特别规定，并保留违反自愿、合法原则的例外。因此，赔偿争议和刑事处理要在具体程序内提出。和解材料有其证明作用，是否从宽及从宽程度仍由办案机关依法结合全案决定。