银行按工程保函向发包人付款，随后工程结算显示发包人取得的金额可能超过实际应得范围，承包人还有办法处理吗？有必要继续核查基础合同的权利义务。独立保函项下银行是否应付款，与发包人在工程关系中最终能保有多少款项，是相互关联但不能混同的问题。
先确认所持保函的性质
独立保函有相应的开立主体、单据和付款等要求，不能所有写着“保函”的文件都按独立保函处理。应保存全文、修改件、索款文件和付款凭证，明确受益人、申请人、担保事项及已经支付的金额。
酉阳项目还应区分预付款保函、履约保函、质量保函各自对应的风险。某笔款保障预付款返还，不能在结算时不加说明地又被算作全部质量损失。不同保函可能覆盖同一风险的一部分，也可能保障不同事项，应逐项对应。
银行按单据支付，不等于最终确认工程违约金额
独立保函强调相符交单下的独立付款，银行通常不代替法院完整审理工程结算。申请人仅称基础合同有争议，不当然能阻止银行依保函付款。款已支付后，也不能把普通结算纠纷一概改称欺诈，要求银行承担全部责任。
另一方面，发包人不能只拿银行付款结果，就免于解释基础工程账目中的相关款项。是否应抵扣、返还或承担损失，需要根据基础合同、履行情况及请求依据另行分析。这里的返还并非只因承包人不服兑付就自动发生。
建立保函款与结算项目的对应账
核对已完成工程价款、预付款扣回、确认的违约责任、质量修复费用以及其他已付款项。若同一笔应返预付款既由保函支付，又从结算价款全额扣回，应进一步判断是否发生重复取得。对尚有争议的修复费用，应列明证据，不能只凭发包人内部估算最终结算。
承包人也不能把与本项保函无关的应付款任意抵销。价款、违约金和保函支付分别是什么性质，是否已经通过协议确定结算方式，都会影响请求范围。利息起点等附随请求，应有具体依据，不宜直接从保函开立日算起。
选择能够解决实际争议的程序
普通基础合同结算请求，应核对合同争议解决条款和管辖规则；独立保函欺诈诉讼有其专门认定条件，不能为避开原约定程序随意改变案由。银行向申请人的追偿以及反担保关系，也需与对受益人的请求分开处理。
提出返还前，先说明哪笔款缺少最终保有依据、如何计算以及有无重复扣收。协商时可要求将保函兑付记入结算清单，并约定争议部分核清后的调整方式。把付款机制与最终结算分清，才有可能准确处理多收、少扣或者重复清偿问题。