停薪留职协议没有写清社会保险，不能仅因员工暂不领工资就默认单位法定缴费义务全部转给个人。首先要核劳动关系是否真实存续、具体安排和参保险种，再区分依法向征收机构承担的义务与当事人内部费用约定，不用停薪两个字代替全部分析。
停薪不等于劳动关系当然解除
双方同意暂时不实际提供劳动、如何保留岗位和恢复工作，应看真实协议及履行。员工外出、长期未发薪或单位暂停经营，也可能涉及不同情形，不能只凭内部表格列为停薪留职就认定双方权利义务已完全暂停。
劳动关系存续、工资是否应付以及社保怎样处理，各有相应规则。协议未解除劳动关系，却让员工按已离职办理所有事项，文件之间可能存在矛盾，需要及时核实，不在争议后通过补填日期制造历史终止。
单位申报缴费与个人部分代扣不同
社会保险法第五十八条、第六十条规定单位办理职工登记、自行申报并按时足额缴费，职工个人应缴部分由单位代扣代缴。职工个人份额和单位依法承担部分，不应只因工资暂为零便在账上混为一项个人欠款。
具体缴费基数、待遇和特殊安排，需依法核办理地实际有效政策及人员状态，不能在没有依据时统一认定按零缴费或者一律按旧最高工资。法规允许的特殊处理，也要按其条件办理，不靠一份私人免责书替代主管机关要求。
内部承诺不能自然取消对外法定义务
即使协议写员工承担费用，单位是否仍应依法申报、缴纳及履行其他义务，不能仅凭该句话否定。该内部约定的具体范围、效力和结算，也需依法审查；不能一概认为任何特殊安排全无效，亦不能以员工签字便把所有法定责任转走。
协议根本没有写，由谁先行付款、如何提供个人应缴部分和明细，更应及时沟通。不能让员工在不知欠缴情形下多年不处理，单位又以其没有工资可扣为由永不说明。
先查真实参保记录与当前风险
依法取得缴费记录、协议、工资和单位通知，确认哪些期间已缴、漏缴或基数存在争议。发生医疗、养老等待遇问题时，补缴、待遇损失及相应责任需要按真实情况和适用程序处理，不以估计金额直接向任何一方索赔全部未来待遇。
纠正缴费与劳动争议分别推进
向有权社保、征收机构依法核查办理方式，涉及劳动关系、协议结算或其他民事争议，再按对应程序处理。形成书面明细，写清法定项目、实际支付、应补期间及下一步，不让多年停薪安排继续处于双方都以为另一方已处理的状态。