未取得施工许可证就开工，可能违反建设行政管理要求，但不能仅凭这一项事实一概认定施工合同无效，更不能据此免除真实质量责任。施工许可、规划审批、施工资质及合同效力，各自有不同法律依据，处理时不能把任何缺一张证都混称为违法合同。
先确认缺少的是哪一种许可
建筑法对施工前办理施工许可及相应例外有规定，未依法办理即开工可能产生责令改正、停止施工等后果。建设工程规划许可证等规划审批，则还涉及建设工程施工合同司法解释一第三条的专门效力规则。二者名称相近，但不能互换适用。
核查时应取得工程类别、是否属于依法需要许可的范围、申请审批及实际开工时间等材料。口头说手续正在补办，既不能证明已经依法完成，也不能当然证明合同必定无效。无需相同许可的小型等特殊项目，也要按真实适用条件辨明，不能一刀切。
合同效力要结合具体强制规定判断
民法典第一百五十三条涉及违反强制性规定与民事法律行为效力的判断。最高人民法院相关审判资料亦区分施工许可欠缺与规划等问题。不能看见行政处罚便不经分析地推导合同全部无效；同样不能因合同民事效力尚可维持，就反称擅自开工已经合法。
如果同时存在资质借用、违法招投标等其他问题，还须按其各自规则审查，不得以施工许可证不当然影响合同效力，替所有其他违法事实作免责结论。争议请求应对应实际依据，而不是只在有效与无效中选择对自己付款最有利的标签。
质量义务不因证件争议自动消失
实际施工的质量、安全和材料检验责任应依法履行。即使合同因其他事由被认定无效，工程质量和折价补偿等也有专门规则，不代表发包人可以免费取得全部合格成果，或者承包人可以对缺陷工程不作任何处理。
对已施工部分应固定范围、状态、质量资料和实际交接。有关部门要求停止施工时，应依法执行并做好必要安全保护，不为增加结算金额继续违章施工。现场证据可能变化的，应及时依法采取固定措施，而非事后凭回忆补齐工程量。
停工和迟延损失另核原因与合同
因手续未完成导致停工，要查谁负责办理、各方何时知悉、是否已提出通知、哪些费用确因该原因产生及是否采取合理减损措施。没有许可证不等于全部损失均由同一方承担，承包人也不能因发包方负责申领就完全忽略自身依法施工和安全义务。
准备许可资料、合同、开工和停工通知、现场日志及费用凭证，把行政整改、合同效力、价款与损失分别提出。纠正手续问题与处理既有成果、真实损害同步推进，才有可能避免工程停在那里而各方只争一张证是否决定所有责任。