房地产开发项目还剩部分房屋没有卖，企业认为土地增值税只能等最后一套售出后再清算。这并不符合清算条件的完整规定。国税发二〇〇六年第一八七号和二〇〇九年第九十一号管理规程，区分纳税人应当清算与税务机关可以要求清算的情形；未售完、已出租和项目转让，可能产生不同的办理节点。
有些事项不能等待税务机关另外催办
管理规程第九条列明项目全部竣工并完成销售、整体转让未竣工决算开发项目、直接转让土地使用权等应清算情形。整体转让一个未竣工项目，不能只因尚未卖成商品房，就断言还没有进入清算条件。
应取得真实项目批准、开发方式、转让合同和完成状态，核自己转的是项目、土地还是普通商品房。不要只按公司还有别的楼盘在开发，就把一个已经符合条件项目的清算无限推到整个企业停止营业。
百分之八十五是另一类触发条件
第十条规定，已竣工验收项目，已转让建筑面积占项目可售建筑面积百分之八十五以上，或者比例虽未超过，但剩余可售面积已经出租或自用，主管税务机关可以要求清算。这里按面积及真实用途核，不是按收回房款占预计总销售额的比例。
取得销售或预售许可证满三年仍未售完、申请注销税务登记但未办理清算，以及省级税务机关规定的其他情形，也分别列入判断。不能把百分之八十五当成唯一条件，更不能为暂时降低比例，将真实已转让的房屋移出统计或隐去自用出租。
自用出租可能影响清算，却不等于本身已销售
第一八七号通知还区分，开发房屋转为自用或出租、产权没有转移的，本身不征土地增值税，在清算时不列收入、不扣相应成本费用。它与剩余房屋自用出租可能触发税务机关要求清算，并不矛盾，两项分别处理交易征税与项目清算节点。
将房屋用于抵债、分给投资人等发生所有权转移的，不能仅称内部使用就同样排除。应把真实产权和用途资料分别核清，不以出租合同替代已经实际发生的有偿转让，也不把所有出租收入自动当作土地增值税转让收入。
两类清算的九十日从不同事件起算
第十一条规定，应清算项目自满足条件起九十日内办理；可以要求清算的，由税务机关确定并下达清算通知，自收到通知起九十日内办理。企业不能把已经依法应清算的项目也统一等一份通知，更不能将其他项目的通知日期挪来解释本项目期限。
注销情形还须在办理注销登记前清算。对是否满足条件或通知内容有具体意见，应按程序说明，不将仍在沟通或准备聘请中介当然理解为期限已经暂停。
项目范围与清算资料要相互对应
清算以依法批准项目为单位，分期开发按分期项目核。应整理立项、用地、预售许可、竣工验收、销售面积、未售用途、收入成本及已缴税款，说明哪些属于本期，哪些属于其他项目。不能仅凭财务总账余额，代替项目间真实分配和合法扣除依据。
彭水开发企业收到通知后，可先形成触发条件和起算说明，再安排申报、补件及专业审核。中介报告可以帮助核实，不代替企业真实申报责任，也不保证税务机关全部采信。清算后再销售未售房屋仍有相应申报要求，一次清算不能直接解释为以后出售全部永久免税。