农村土地流转发生争议，一方先向农村土地承包仲裁机构提出申请，另一方希望法院处理，并非只看谁先递材料。应核双方有没有自愿达成书面仲裁协议、自己是否已经接受仲裁管辖，以及争议是否已有裁决。不同阶段会影响能否另行起诉，不能把商业仲裁或劳动仲裁的程序直接套用。
没有书面协议时，先申请不必然锁定另一方
二〇二〇年修正的农村土地承包纠纷司法解释第二条明确：当事人未达成书面仲裁协议，一方申请农村土地承包仲裁，另一方提起诉讼，人民法院应予受理，并书面通知仲裁机构。这是针对农村土地承包纠纷的具体衔接规则。
因此，收到仲裁通知后应先核合同和另行签署的文件，确认是否确无书面约定，再依法向有管辖权的法院提出原纠纷请求。这里说的是对方希望通过法院解决时的法律入口，不是要求任何农仲申请都必须先有书面协议，否则仲裁机构一律不能受理。
已经接受仲裁管辖，结论会改变
同一条款同时规定，另一方接受仲裁管辖后又起诉的，人民法院不予受理。不能先明确同意由仲裁庭处理、围绕该程序推进，后来仅因认为结果不利，就声称最初没有协议而当然退出。
是否已接受管辖，应核真实书面意见、开庭和相关程序记录，由有权机关依法判断。收到文书后不宜无视答复期限，也不宜套用未经核实的声明。应及时明确自己的程序选择、是否提出异议以及事实依据，保存完整提交和接收记录。
存在自愿书面仲裁协议时另作核查
该解释对自愿达成书面仲裁协议的情形，要求法院参照民事诉讼法解释第二百一十五条、第二百一十六条处理。不能只删除合同复印件中的仲裁条款，便按未约定路径起诉，也不能把任何一处出现仲裁二字的格式内容当然视为有效、真实的约定。
应检查协议的形成、签署权限、真实意思和具体约定内容，连同对协议效力或范围的疑问依法提出。对已有生效裁判、调解文书或其他程序状态，也要完整说明，不能让同一争议在不同机关重复处理而隐瞒既有文书。
裁决已经作出后，转入裁后诉讼制度
如果已收到农村土地承包仲裁裁决，不再只讨论最初由谁先申请。该条以及调解仲裁法规定了收到裁决后三十日内就原纠纷起诉的制度；签收仲裁调解书等情形，则有不同的效力限制，应按真实文书与阶段处理。
准备起诉时，将承包或流转合同、仲裁通知、协议、程序意见及送达材料对应起来，并提出明确的租金、交地或其他请求。需要达到的结果，是在尚可选择的程序阶段依法作出选择，避免把未签协议误解为永远不能仲裁，也避免把他人先申请误解为自己永远不能诉讼。
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