一片拟保护生态区域跨两个县，参与单位打算两边各发文件，便共同对外称为同一个自然保护区。第十三条对跨两个以上行政区域的拟设自然保护区，要求有关区域政府协商一致后提出申请，并按国家级或省级设立程序审批，不能把协作意见当成最终设区决定。
协商的是整体申请，不是相邻两张宣传牌
除国务院有关部门提出申请的情形外，跨行政区域应先形成相应政府协商一致。保护对象分布、拟范围、管理可行性和居民活动可作为真实沟通基础，不能让同一生态单元在两边材料中使用互相矛盾的边界或保护目标。
国家级由相应省级政府或者国务院有关部门申请，经国家林草主管部门会同评审，报国务院批准；省级由所在地设区市、县政府申请，经省级林草主管部门会同评审，报省级政府批准。某县有权提出省级设区申请，不表示县本身便是本条例规定的最终批准机关。
设立、划界和以后联合管理分阶段核
正式设立后还涉及组织勘界、设置标志及管理职责。各地联合巡护或签合作协议可以有实际作用，但不能反过来证明尚未批准的区域已经依法成立，也不能让一个部门越权办理另一个部门的法定事项。
南川有关主体可保存整体申请方案、各区域协商文件、正式评审批复及后续边界资料。实际项目跨什么行政区域，应依准确位置核实，不按公司注册地选便利机关。本文说明自然保护区设立制度，与跨县不动产登记、跨界临时用海审批不是相同程序，不能将其他制度允许分别办理的办法移来拆分申请。
依据：[自然保护区条例（2026年第三次修订）](https://www.forestry.gov.cn/c/www/szxx/659705.jhtml)，第十三、十五、十七、十八条；自2026年3月15日起施行。
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