税务机关检查到几年前少缴税，企业只按“三年时效”拒绝补缴，可能忽略少缴原因和起算点。税收征管法第五十二条区分税务机关责任、纳税人计算失误及偷税抗税骗税，不能把同一个年限套给所有情况，也不能将行政处罚或刑事追诉期限直接拿来抵税款。
税务机关责任，需要有具体行为依据
第五十二条第一款规定，因税务机关责任导致未缴少缴，三年内可以要求补缴，但不得加收滞纳金。实施细则第八十条将责任解释为适用税收法律、行政法规不当或者执法行为违法。
企业应指出实际通知、处理或征收行为，说明怎样造成少缴。申报系统接受了数据、往年没有检查，或者某工作人员曾口头闲聊，不当然等于已经证明上述责任。税款与滞纳金应分开计算，不能只因不加滞纳金便推定本金也不用补。
计算失误的一般三年与特殊五年
对纳税人、扣缴义务人计算错误等失误造成少缴，法律允许在三年内追征税款和滞纳金，特殊情况延长至五年。细则第八十一条明确为非主观故意的公式运用错误、明显笔误；不是企业给任何虚假申报取名“财务疏忽”，就能自动套入。
第八十二条所称特殊情况，是该类失误累计未缴少缴等数额达到十万元以上。应核涉税期间、具体错误和累计金额，不是单看本次某张发票不足十万元。主管机关适用五年时，也应有相应事实和依据，不能仅凭案件复杂就无限延长。
偷税等不受前述期限限制，但仍须证明行为
对偷税、抗税、骗税，追征相应税款、滞纳金或骗取税款，不受前款期限限制。这并不表示只要查出少缴就当然认定偷税，具体行为仍按法定条件和证据判断；企业也不能以账目已经很旧就要求忽略真实造假材料。
对于不申报造成少缴、但不属于偷税抗税骗税的情形，税务总局二〇〇九年第326号批复另明确按第五十二条精神，一般三年，特殊可至五年。是否不申报及是否构成其他法定行为，应按真实通知、申报和经营资料核实，不能在两种极端之间凭结果选结论。
从应缴未缴之日起算，不从第一次听说检查起算
实施细则第八十三条规定，相关补缴追征期限从应缴未缴或者少缴税款之日起计算。应按税种、期间和依法应缴日期逐项列表，不把全年每笔税都从年末、查账日或收到决定日重新计时。
同一检查可能有不同年度、不同原因，应分别判断。已形成欠税等其他具体状态，也不能不经核实就一概视为本题“检查新发现少缴”的相同情形；诉讼时效、检查覆盖期间及本项追征规则要准确区分。
先要求具体计算，再提出有依据的异议
可整理原申报、税额计算、缴纳期限、实际缴款、相关机关文件及本次认定，逐笔列追征本金、滞纳金、原因分类和起算。对税款数额或行为定性有异议，应按真实文书及法定程序及时主张，不用拒收通知或删旧账代替救济。
南川企业委托律师时，应提供完整历史记录，而非只问“五年前能不能查”。律师需要核本次究竟追哪项义务、为何适用相应期限；既不承诺满三年一概免责，也不因旧资料缺失就直接接受所有无限期追征判断。