外省总公司统一做账并计算企业所得税，重庆分公司便以为不再需要在当地申报。跨地区汇总纳税通常实行统一计算、分级管理、就地预缴、汇总清算，分公司没有法人资格，并不等于没有分摊和报送事项。
先看是非法人分支，还是独立子公司
二〇一二年第57号公告适用于居民企业跨省级地区设立不具有法人资格分支机构的情形，另有规定的行业除外。母子公司虽然也称集团，独立法人子公司并不因合并财务报表就自然进入这套总分汇总办法。
同在重庆不同区设点，也不能只按跨省规则直接套用，应核相应省内安排。南川机构准备申报时，应先取得营业执照、隶属关系和实际管理层级，区别分公司、加盟商及内部部门，而不是只看门头挂了总部品牌。
主体经营的二级分支通常要就地分摊
第四条所称二级分支，应依法领取非法人执照，由总机构直接统一核算和管理财务、业务、人员，且有主体生产经营职能。三级及以下数据归入相应二级，不宜每个销售点都自行报成总部直接分支。
第五条另列不就地分摊情形，包括符合条件的内部辅助性机构、上年度认定为小型微利企业的二级分支、新设二级分支设立当年等。上年度小微条件看汇总企业，不能只截取某一家分支人数少就直接使用例外；内部研发、仓储也需同时符合具体条件，不只是营业执照名称。
不是按每家分公司自己的利润简单缴税
按第十四、十五条，一般由各分支共同分摊汇总企业当期应纳所得税的一半，再按上年度营业收入、职工薪酬、资产总额三个因素分配，权重分别为百分之三十五、三十五、三十。分支当期亏损，不当然使其分摊税款为零。
同理，一家分支收入较高，不等于仅按收入占比处理。应核各因素归属、期间和统一口径，将三级以下数据纳入正确层级，不把内部划拨现金与营业收入混算。分摊比例确定后，除规定情形外当年不作随意调整。
重组接收既有分支，不必然享新设当年例外
第十六条对重组取得以前已存在的二级分支，以及汇总企业内部合并、分立、管理层级变更形成的分支，规定不视同当年新设。只看新执照签发日期，可能误用不就地分摊的安排。
分支撤销时也要核税务注销所属预缴期间及相关结算，不能内部停业通知一出就自行删除全年分配。组织调整应同步交接历史分配表、预缴及变更事实，不用新旧分公司共用一个模糊余额。
汇总清缴后，仍需核总分各自申报与退补
总机构统一计算年度应纳所得税并抵已预缴，不表示所有后续款项都只在总部办理。总分机构应依现行安排完成相应申报、分配和退补；旧公告个别组织结构审批和以后年度抵缴条款已被后续文件调整，不能照旧办理。
企业可建立总分机构清单、例外资格说明、三因素原始数据、分配表和各地申报记录。律师核主体、层级和重组文件，财务核公式及税额；分摊规则不改变分公司民事债务归属，也不意味着地方机关可以对同一汇总所得重复全额征税。