担保合同已经约定有效仲裁条款，债权人却向法院申请拍卖、变卖担保财产，被申请人称只要有仲裁条款，法院就必须驳回。担保制度司法解释第四十五条对实现担保物权的特别程序作了分流：关键还在有无实质性争议及实现条件是否成就，不能只看合同中出现仲裁两个字。
先确认申请的是哪一种程序
依民事诉讼法有关实现担保物权案件规定提出的申请，与按普通诉讼要求判债务人还款、确认担保效力，程序不同。申请人应说明担保财产、权利依据、债权及实现条件，不能把一份普通起诉状改名申请书，就保证适用特别程序。
仲裁条款是否成立、有效及覆盖本争议，也需要依法核查。本文讨论已经存在相应仲裁约定时，能否仅凭该约定排除特别程序，不是用担保规则替代当前仲裁法对仲裁协议的全部审查，更不是认定约定仲裁后任何法院程序都被关闭。
无实质争议且条件成就，法院可准许
第四十五条规定，当事人对担保物权无实质性争议，且实现条件已经成就，法院应裁定准许拍卖、变卖担保财产。因此，相应前提具备时，被申请人只提出合同约定仲裁，不当然导致申请被驳回。
是否具备条件，应看原权利真实存在、担保范围和到期或约定实现事实等材料，不能仅凭申请人单方声明无争议。已经还款、权属和担保效力存在真实异议的，应如实提出并供审查，不能为了程序便利隐去。
部分实质争议，可将无争议部分分开
当事人对实现担保物权有部分实质性争议，解释允许就无争议部分裁定准许拍卖、变卖，并告知有争议部分可以申请仲裁。这不是一方自行把欠款拆成两行，就必然能够先处理任一半。
应具体说明哪些债权、财产或权利范围没有争议，争议部分如何划分及有无相互影响，提供对应计算和证据。申请人不能将对方全部否认的金额强行标为无争议，被申请人也应说明异议事实和依据，而不是只重复不同意。
存在实质争议，回到约定仲裁解决
对实现担保物权存在实质性争议的，法院裁定驳回申请，并告知可向仲裁机构申请仲裁。驳回这项特别程序申请不等于法院已经认定债权不存在，亦不等于无需再处理合同约定和相应权利期间。
进入仲裁后，应按有效约定及现行程序提出相应请求和证据；不能把法院此项程序结果当成已经取得一份实体胜诉裁决。仲裁、保全和担保实现之间需要依法衔接，任何一环都不能凭口头说已经在办，就假定财产已被控制或已经受偿。
可以形成程序类型、权利材料、实现条件和实质争议四项对照，逐项决定继续申请、核无争议部分，还是转入仲裁。已有付款、其他担保受偿和正在进行的程序应完整披露，避免同时重复索取。律师工作的成果应是适合真实争议程度的请求与材料，而非仅凭仲裁条款替所有特别程序作统一结论。
依据：担保制度司法解释第四十五条：https://www.court.gov.cn/fabu/xiangqing/282721.html 。
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