商标许可没有备案，不当然使许可合同在原双方之间无效，但能否对抗后来取得商标权的人，要审查其是否善意及真实交易经过。受让人不能只看登记中没有许可，就忽略已经实际知道的使用安排；被许可人也不能只拿一份旧合同便主张永久对所有人有效。
商标法区分许可合同与对外对抗
当前适用的商标法第四十三条规定，许可人应当将商标使用许可报商标局备案并由商标局公告；未经备案，不得对抗善意第三人。不能把这一规定直接改写成未备案合同全部无效，也不能删掉善意两个字，使任何商标受让人都一律免受原许可影响。
处理时先核许可合同的签订、授权主体、商标状态、使用期限和商品服务范围。合同真实有效与是否能够约束后来受让人，是不同判断；许可人是否违反办理备案等约定义务，也可能形成原双方之间另外的责任问题。
新权利人是否知道，须有具体证据
商标转让尽调中披露过许可清单、转让合同附件明确列入既有许可、受让人参与过许可履行等，可能与善意判断有关。但市场上曾有人使用该标志，并不在任何情况下都等于受让人已经知道其具体许可范围，不能仅凭猜测确认全部事实。
可以固定许可合同、历史付款和使用材料、转让尽调与告知记录、双方往来。事后补写一份与原事实不符的许可，或倒填日期对抗第三人，不能作为正当解决方式；真实存在的安排也不应因为一方掌握资料便拒绝提供核对。
即使可以对抗，仍受原许可边界限制
许可的是某类商品、某段期间或特定使用方式，不会因商标换了权利人而自动扩展。独占、排他和普通许可的具体权利也应核合同及法律规则。对方愿意暂时协商，不代表同意未来无限期使用，必须把过渡、库存和后续安排写清。
商品质量监督、被许可人保证质量，以及依法需要标明被许可人名称和商品产地等要求，也不能因为许可未备案就全部忽视。许可存在不等于可将商标任意转给其他经营者使用，涉及再许可仍应另查权限。
尽调和争议处理分别确定目标
拟受让商标的企业，可要求提供完整许可和备案信息，核查实际经营情况，明确历史责任分担；被许可人发现转让，则应及时保存已有权利及告知记录。是否继续履行、停止使用或向原许可人追责，应按实际善意、合同和法定条件分析，不能靠一封停止使用函解决所有层次。
商标法律版本还需按行为时点核对。已经公布但尚未施行的新规则，不能提前作为今天的直接适用依据。将现有权利、对外对抗及后续履行分开，可以避免把备案手续争议简单化为谁拿到最新证书谁就完全不受旧合同约束。