合同既写“违约时没收全部履约保证金”，又写“另付一笔违约金”，发生违约后不能仅因两句话并列，就当然把两笔全部累加。应先识别保证金属于什么、扣留是在实现担保还是约定赔偿，以及两种计算有没有针对同一损失重复受偿。
名称相同，保证金的法律作用可能不同
先读付款、保管、返还和扣收条款。有的保证金只是预先存放、用于抵扣依法应承担的违约责任；有的条款实质另设违约金；有的当事人主张适用定金规则。不能仅因写着“履约”或“保证”两个字，就自动成立定金或金钱质押。
主张金钱担保优先权的，还要审查专门账户、保证金形式、实际控制等法定条件。双方在普通账户转过一笔钱，与依法设立特定金钱担保，不宜只凭合同标题作相同处理。担保是否成立与债务人实际应赔多少，也应分别判断。
若保证金只是担保金，应先计算担保的债务
例如合同约定从保证金中抵扣逾期交货应付的违约金，那么扣收属于对该违约金债务的清偿，不是另增加一份罚款。计算违约金总额后，应扣除已经通过保证金实现的部分，再判断剩余应付或应返还金额。
若对方同时主张损失赔偿，还须说明该损失与违约金的关系、是否在约定赔偿范围之外及法律依据。不能同一停产损失先全额算进违约金，又作为独立损失重复计取。
当事人应列出违约事项、责任计算、已扣保证金及尚欠净额，避免将“保证金不退”和“违约金照付”当作不必解释的结论。
实质都是违约赔偿时，要审查合计负担
条款将保证金全额没收又另计违约金，若实质均针对同一违约责任，应结合合同真实意思及法律规则审查。名称不同不等于可以排除对违约金是否过分高于损失的判断。
民法典第五百八十五条规定了对过低或过高违约金依法调整的机制。请求调整的一方应提出相应主张及有关依据；是否调整应结合损失、履行、过错等具体情况依法确定，不是所有约定都被统一减到某个比例。条款采用格式文本的，还应审查提示说明和效力问题，不能只凭签章就排除这些争议。
如果依法成立的是定金，则需另审定金实际交付、法定比例与适用条件。合同同时约定定金和违约金时，民法典第五百八十八条规定违约时可以选择适用，不宜将两者罚则直接相加。
退款与追款都应使用同一套净额账
建议将原保证金、合法应抵责任、已经扣收金额、其他独立费用及应退余额逐项列清。对已确认的部分，可以写清履行或返还期限；对仍有争议的责任和金额，应明确保留，不能让出具收条的一方被解释为已经认可全部扣款。
诉讼中，主张方应说明自己的请求是支付违约金余额、损失赔偿还是依法实现担保；对方则可对违约事实、损失范围和重复计算提出具体抗辩。结算依据应能逐项还原，不能靠把同一笔钱换几个名称来扩大责任。