公司准备登记软件著作权，代办要求将完整代码仓库、客户配置和全部开发文档打包发到私人邮箱，并称登记以后源码反正都会公开。这种说法不能直接接受。《计算机软件著作权登记办法》第九至十三条区分普通鉴别材料、例外交存和封存。企业应在真实申请的前提下选择适用方式，控制交付范围，而非在登记与保密之间被迫二选一。
先确认谁有权申请、登记哪个版本
第四、七、十一条要求申请主体和软件来源具有依据。自主开发、合作开发、受让以及经许可改进原软件，材料并不相同。公司付款、员工编写和取得著作权也不能只凭其中一项作结论，应先核任务、合同、许可与交付记录。
给拟登记版本固定名称、版本号、完成情况及源程序对应关系，保留内部完整原始版本。不能为了少交材料，临时拼接公开代码或将未参与开发者写成权利人。申请文件、鉴别材料和证明署名不一致，又不能提供依据，会影响登记审查。
一般交存不是一律提交全部代码
第十条规定，鉴别材料包括程序和文档，由源程序和任何一种文档前、后各连续三十页组成；整个程序和文档不到六十页的，应提交整个源程序和文档。除特定情况外，程序每页不少于五十行，文档每页不少于三十行。
应依真实长度和连续性选取，不把大量空行凑页，也不能从毫不关联模块挑几页冒充连续内容。规则要求的登记材料，与代办为整理、测试或提供其他服务想取得的资料，必须分清；要求额外接触时，应说明用途、必要性和权限，不以所谓包通过为理由无限索取。
有机密内容，可比较三种例外交存
第十二条允许选择：源程序前后各连续三十页，机密部分以黑色宽斜线覆盖，但不得超过交存源程序的百分之五十；源程序连续前十页，加任意部分连续五十页；或目标程序前后各连续三十页，加源程序任意部分连续二十页。文档例外交存参照处理。
三种方案不能随意混搭成完全不交鉴别材料，也不是任何内容都可以涂黑。应让技术人员定位机密范围、页序及程序对应，律师核选择依据与交付边界，形成实际提交版和内部完整版本之间的对应表。不能保证只要选择例外交存，任何材料均无需补正。
封存与删掉资料，是不同措施
第十三条允许申请将源程序、文档或者样品封存，除申请人或者司法机关外，任何人不得启封。这是向登记程序提出的具体申请，不是给代办邮件加上机密二字就已经完成。
第二十六条允许查阅登记公告和可公开登记文件，不等于所有源程序都必须公开上网。软件另有开源许可要求向用户提供对应源码的，登记封存亦不消除相应许可义务；同样，封存也不代表可以对依法司法审查作绝对保密承诺。应保存封存申请及处理记录，核实际纳入哪些载体，不把已经向不受控第三人发送的副本误认为也因此自动封住。
委托合同把接触、返还和补正写清
可列明代办及协作人员能够接触的具体材料、使用目的、接收渠道、保存与返还删除、泄露后的通知和责任。登记所需与客户个人信息、密码密钥、生产数据库等无关内容，应依法区分，不能把业务系统访问权一并交出。
收到补正要求时，核实来源及需要补什么，保留原提交版、补正版与原因，不用事后篡改开发历史应对。丰都企业可先形成权属版本、普通或例外交存、封存与委托权限四张清单，再安排提交。取得登记证书不意味着代办取得软件使用权，也不能替代对真实权属和持续保密的管理。